Hvězdárna byla soukromou observatoří pražského lékárníka a amatérského astronoma Františka Fischera, který ji nechal postavit jako součást své vily v ulici Na Zlatnici. Fischer se věnoval především mapování povrchu Měsíce a pořizování snímků mlhovin a komet.

Součástí hvězdárny, která fungovala od roku 1924, byla rovněž knihovna obsahující podle J. Klepešty "staré tisky z oboru selenographie, jež nelze najíti ani ve velkých universitních knihovnách".

Fr. Fischer pořádal v zahradě vily pozorování meteorů, a to v rámci programu České společnosti astronomické. Pro mladé členy ve 30. letech připravil i kurz selenografie.

Říše hvězd v roce 1937 označila podolskou observatoř za "jednu z nejlépe vybavených a vedených soukromých hvězdáren" v Československu.

Po smrti Fr. Fischera darovala jeho rodina dalekohled a další astronomické vybavení České astronomické společnosti. Posléze ho získala hvězdárna v pražských Ďáblicích, kde slouží v západní kopuli.